大佬，您的data文件是咋建立的？

zhaoxiaollong 发表于 2023-10-19 22:48
您好，请问一下假如第一次输出轨迹的时候没有计算MSD、RDF等一些参数，那么在第二次在不输出轨迹文件以及 ...

可以，和保存轨迹再算是一样的。

Graphite 发表于 2023-9-13 15:23
restart文件只是为了中断续算的，里面的step定义是比较模糊的，特别是一次模拟中进行了多个过程时，建议用d ...

您好，请问一下假如第一次输出轨迹的时候没有计算MSD、RDF等一些参数，那么在第二次在不输出轨迹文件以及不进行rerun的情况下专门去计算这些参数，这样的结果正确吗？

Graphite 发表于 2023-9-13 15:23
restart文件只是为了中断续算的，里面的step定义是比较模糊的，特别是一次模拟中进行了多个过程时，建议用d ...

谢谢您的解答，看来之前是对restart文件的应用理解有偏差，更感谢您建议的分析流程！我之前的分析过程确实不规范，学习到了！

restart文件只是为了中断续算的，里面的step定义是比较模糊的，特别是一次模拟中进行了多个过程时，建议用data文件。
最靠谱的算各种轨迹分析/能量分析...的方法是：
1、正常做一次模拟，读入data文件而不是restart文件
2、跑的时候不要compute MSD或者compute RDF等等分析，而是较高频次地输出轨迹
3、跑完了把轨迹rerun一遍，这不会动力学走步，而是对每步重算能量和结构、以及各种分析

假如500步输出一次轨迹，那么事后rerun的基础时间成本仅仅是1/500。加了各种分析之后，也只是把该耗的那些时间补上。
这样做的好处是简单化，避免“路径依赖”的歧义，也避免因为各种分析中途出错而导致耗时很长的主采样挂掉。