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结合自由能dG绝对值过大?

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发布时间: 2023-9-18 13:58

正文摘要:

各位前辈好,我用gromacs分别跑了10个蛋白-蛋白复合物结构的分子动力学模拟,并使用gmx_mmpbsa.bsh计算结合自由能。 得到的dG看起来有点离谱:最大值-158kj/mol,最小值-1047kj/mol。我看别人的教程貌似△G都是 负 ...

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jackshoulder 发表于 Post on 2023-10-1 15:44:57
你的轨迹文件应该是没有做修正,所以出现了那种很长的线的情况;建议消除平动与转动;进行周期性矫正

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