本帖最后由 aw10279 于 2023-9-19 16:33 编辑 fhh2626 发表于 2023-9-19 11:28 谢谢付老师的回复，想请教一下，图中曲线的哪些特征显示模拟没有收敛，如果收敛的话曲线应该有怎样的特征？伞形采样我是用gromacs本身的拉伸模拟确定路径-窗口采样流程，这个流程该如何判断收敛情况呢？ 另外我主要想研究的是一个水分子从通道中穿过时的自由能变化，对最终进入后的结合构象不做考察，这样对收敛程度会不会放宽一些？ |
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小分子进入靶点的自由能计算是很难的，你两个模拟都没有收敛 最低可以接受的方法是funnel metadynamics，讲究点的话要做基于六自由度和几何路径的PMF计算 |
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