ngaoo 发表于 2023-9-20 15:31
Atomtype ho was defined previously (e.g. in the forcefield files), and
  has now been defined ag ...

ho被重复定义了。如果几次对ho的定义都一样，可以不用管warning，程序会用最后一次的。如果嫌碍眼，删掉重复定义的地方

ngaoo 发表于 2023-9-20 15:31
Atomtype ho was defined previously (e.g. in the forcefield files), and
  has now been defined ag ...

[ atomtypes ]
; name   at.num      mass       charge   ptype     sigma (nm)    epsilon (kJ/mol)
oh           8    15.999405    0.000000    A      3.066473E-01    8.803136E-01
ca           6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    3.598240E-01
os           8    15.999405    0.000000    A      3.000012E-01    7.112800E-01
c            6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    3.598240E-01
o            8    15.999405    0.000000    A      2.959922E-01    8.786400E-01
ho           1     1.007941    0.000000    A      0.000000E+00    0.000000E+00
ha           1     1.007941    0.000000    A      2.599642E-01    6.276000E-02
报错，大概是说你的这个里面有两行ho的参数，是不是你后来又重复加了一个ho

tsgyls 发表于 2023-9-20 11:58
note可以不用管，warning需要排除，如果没有影响的warning可以忽略。
一般能量最小化不会出现这么多warn ...

Atomtype ho was defined previously (e.g. in the forcefield files), and
  has now been defined again. This could happen e.g. if you would use a
  self-contained molecule .itp file that duplicates or replaces the
  contents of the standard force-field files. You should check the contents
  of your files and remove such repetition. If you know you should override
  the previous definition, then you could choose to suppress this warning
  with -maxwarn.
这种Warning怎么排除？他说我在定义原子类型时出现了重复定义的情况，我的四个分子的itp让我给整合在一个itp里面然后被icloud进去了

ngaoo 发表于 2023-9-20 09:01
老师，运行完出现
There were 5 notesThere were 13 warnings

note可以不用管，warning需要排除，如果没有影响的warning可以忽略。
一般能量最小化不会出现这么多warning

sobereva 发表于 2023-9-20 03:23
老生常谈的问题

老师，运行完出现
There were 5 notesThere were 13 warnings

需要全部检查并排除这些嘛

老生常谈的问题

zaqxs234 发表于 2023-9-19 18:01
把所有itp里面的[ atomtypes ]条目剪切到top文件的[ defaults ]条目下方，[ system ]条目的上方即可。
你 ...

刚才试了也不太行

把所有itp里面的[ atomtypes ]条目剪切到top文件的[ defaults ]条目下方，[ system ]条目的上方即可。
你这个报错就是指的是你top文件顺序非法了，我以前见过社长有个gromacs拓扑文件的条目组成顺序的，不知道哪里去了