Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-10-26 19:43 请问下老师，我想跑一个水溶液中反应的AIMD。也是用packmol构建的初始结构。跑MD前准备先opt一下，但是发现结构优化一直不收敛，100步了仍然没有收敛的趋势，请问这种情况该怎么处理呢？拿最后一帧先跑AIMD预平衡吗 |
kilig 发表于 2024-10-26 17:29 跑分子动力学之前初始结构和CP2K输入文件是怎么生成的？具体有什么分子和设置？ 若体系密度较大、构建初始结构又用的是packmol，因packmol堆积分子时仅考虑空间几何而非更真实的电子结构，产生的结构可能还有偏小的原子间距，计算时就表现出较大斥力和很高温度。在做高密度体系的MD之前先把这样搭建的初始结构跑一下几何优化，这样能量极小化可以消除不合理接触，后续MD更容易控制温度。 |
| 参与人数Participants 1 | eV +1 | 收起 理由Reason |
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| + 1 | 我很赞同 |
1285050231 发表于 2024-9-19 14:51 你好，同学我也遇到类似的问题，而且再往后直接到了60W K，请问一下你这个问题解决了吗？ |
1285050231 发表于 2024-9-19 14:51 前几千步是这样的，很不平衡 |
zukelei 发表于 2024-6-25 17:27 同学，你没有遇到跑第二步温度开始飙升的情况，而且跑了几十步之后一直没法下降。比如我设置298K，但是从第二步开始就6000+K，一直这么高下降不下来。 |
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请问这个平均温度输出是怎么设置的？ |
| 好的。谢谢卢老师 |
liheng 发表于 2023-9-22 09:50 是 200可能有点大，可以用100 |
sobereva 发表于 2023-9-22 03:02 卢老师，也就是说我现在是可以在当前基础上进行平衡阶段的计算了是吧？将TIMECON由当前的50增加到200？ |
| 越小的体系，温度波动倾向于越大，没什么必然异常的。本来你当前的体系就挺小 |
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