zdworld 发表于 2023-10-11 13:18
咦？糖的话，环状体系也可以拆开简化的吗？

是

sobereva 发表于 2023-10-11 12:16
通过扫描方式产生二面角参数使用的普遍都是简化过的模型体系，比如下面的例子，用DFT做柔性扫描不会有多 ...

咦？糖的话，环状体系也可以拆开简化的吗？

zdworld 发表于 2023-10-11 11:09
这种时候平衡速度和精度有什么办法吗

通过扫描方式产生二面角参数使用的普遍都是简化过的模型体系，比如下面的例子，用DFT做柔性扫描不会有多高的耗时

sobereva 发表于 2023-10-11 11:00
半经验太差了

这种时候平衡速度和精度有什么办法吗

zdworld 发表于 2023-10-11 02:25
谢谢社长，明白了，我之前图便宜刚性扫描根本不能用，柔性体系有点大，能上半经验方法吗，只是拟合二面角 ...

半经验太差了

zdworld 发表于 2023-10-11 02:25
谢谢社长，明白了，我之前图便宜刚性扫描根本不能用，柔性体系有点大，能上半经验方法吗，只是拟合二面角 ...

二面角参数的主要目的是修正1-4非键描述准部分，大部分扭转位阻实际体现在1-4非键作用上。
你在拟合参数的时候务必保证1-4非键作用正确考虑并被扣除

sobereva 发表于 2023-10-11 00:40
柔性扫描过程自然而然会避免严重位阻
对于获得某个二面角的参数，想避免位阻效应等效掺进去的话，试图把 ...

谢谢社长，明白了，我之前图便宜刚性扫描根本不能用，柔性体系有点大，能上半经验方法吗，只是拟合二面角参数够用吗？

zdworld 发表于 2023-10-11 00:35
扫描有很大的位阻一般怎么处理？

柔性扫描过程自然而然会避免严重位阻
对于获得某个二面角的参数，想避免位阻效应等效掺进去的话，试图把体系简化来尽可能避免位阻

扫描有很大的位阻一般怎么处理？

sobereva 发表于 2023-10-10 21:46
单位显然得统一
如果不需要考虑二面角的可旋转，当前的势不错

明白，感谢解答。

Wenchuan 发表于 2023-10-10 19:32
在sobtop的$HARM_DIH势能函数E_dih = (1/2)*k*(d-d0)^2中，k的单位是kcal/mol/rad^2，d-d0的单位是deg， ...

单位显然得统一
如果不需要考虑二面角的可旋转，当前的势不错

sobereva 发表于 2023-9-30 05:49
用黑色曲线

感谢sob老师解答，我明白了，相比于红色曲线，用黑色曲线可以更好地符合-180°、-60°、60°和180°的极大点的能量，并且可以减小二面角的波动，更好地维持结构。

Wenchuan 发表于 2023-9-29 11:38
对-120°、0°和120°的二面角UF_Zn-os-UF_Zn-os各进行正负60°柔性扫描后得到了图中黑点所示的结果，
...

用黑色曲线