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请教gromacs做分子动力学跑预平衡过程时用GPU加速出现报错的问题

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枝枝z

发布时间: 2023-9-25 18:40

正文摘要:

请教老师，用gpu加速计算时，跑预平衡过程，报错 Fatal error: Unexpected cudaStreamQuery failure. CUDA error #700 (cudaErrorIllegalAddress): an illegal memory access was encountered. 是什么原因？网 ...

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枝枝z 发表于 Post on 2023-9-30 19:45:32

zdworld 发表于 2023-9-28 13:31
我也遇到了相同的情况，我检查后发现不是gpu的问题，单纯就是我退火温度拉太高结构出问题爆了一堆lincs war ...

好的！十分感谢！我也试试做这方面调整~

zdworld 发表于 Post on 2023-9-28 13:31:11

我也遇到了相同的情况，我检查后发现不是gpu的问题，单纯就是我退火温度拉太高结构出问题爆了一堆lincs warning，降低温度就没事了。建议先检查结构，cpu没保存可能单纯是慢（

枝枝z 发表于 Post on 2023-9-27 00:39:03

sobereva 发表于 2023-9-26 03:15
既然CPU跑没问题，先用CPU跑诸如500ps，等体系相对稳定一些了，再用GPU续跑看是否能成功。如果确认就是GPU ...

用CPU跑也有一些报错，但是能跑一段时间之后才报错，应该是我体系本身也有一定问题；
这个win版本应该GPU跑没问题，因为之前我用gromacs分子动力学课讲义上测试计算速度的成品tpr样本跑过，同样的命令行能进行正常计算；
那我先调整一下我的体系，再用CPU和GPU分别跑，用老师的方法试试看~后续有问题的话再问老师。
谢谢老师！

枝枝z 发表于 Post on 2023-9-27 00:28:36

lmch 发表于 2023-9-26 01:58
绝对是拓扑的事

想请教一下老师为什么这么说，从哪能看出来

sobereva 发表于 Post on 2023-9-26 03:15:05

既然CPU跑没问题，先用CPU跑诸如500ps，等体系相对稳定一些了，再用GPU续跑看是否能成功。如果确认就是GPU跑有问题，也可以尝试Linux版看看

lmch 发表于 Post on 2023-9-26 01:58:36

绝对是拓扑的事

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