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求助：氨基化合物在水相中MD模拟奔溃

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nku_linz

发布时间: 2023-9-28 16:48

正文摘要:

本帖最后由 nku_linz 于 2023-9-28 21:37 编辑采用gromacs模拟氨基化合物与皂苷的相互作用两个化合物通过ORCA的B97-3c进行优化和振动分析，参考sobtop程序主页http://sobereva.com/soft/Sobtop/中的例1生成 ...

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nku_linz 发表于 Post on 2023-10-14 12:59:38

sobereva 发表于 2023-9-29 05:52
CS直接用sobtop创建基于GAFF力场的拓扑文件就完了，根本不需要也不应该基于Hessian产生谐振势形式的力常数
...

谢谢老师指出错误，我没有仔细看FAQ10和FAQ11, 折腾不讨好！已经改用例2的方法产生.itp文件，MD已可以正常跑起来。

zdworld 发表于 Post on 2023-10-3 16:52:18

sobereva 发表于 2023-10-3 14:17
GAFF是形式简单的通用力场，能达到这样的准确度就可以了。如果你想要更高精度，那需要你去优化分子专一性 ...

谢谢，我去了解一下

zdworld 发表于 Post on 2023-10-3 16:51:42

喵星大佬发表于 2023-10-3 12:13
合理，这误差已经不大了，就2.2%你还想咋样
gaff的原子类型考虑的化合物类型很多，vdW参数这点误差已经 ...

好的，非常感谢

sobereva 发表于 Post on 2023-10-3 14:17:00

zdworld 发表于 2023-10-3 12:02
您好，我直接用sobtop的gaff力场参数化丙酮但是密度到了810 理论应该792，这种程度的偏差合理吗？如果基 ...

GAFF是形式简单的通用力场，能达到这样的准确度就可以了。如果你想要更高精度，那需要你去优化分子专一性的LJ参数/原子电荷，类似于优化水模型一样。届时可以以当前的参数作为初猜。

喵星大佬 发表于 Post on 2023-10-3 12:13:29

zdworld 发表于 2023-10-3 12:02
您好，我直接用sobtop的gaff力场参数化丙酮但是密度到了810 理论应该792，这种程度的偏差合理吗？如果基 ...

合理，这误差已经不大了，就2.2%你还想咋样
gaff的原子类型考虑的化合物类型很多，vdW参数这点误差已经很小了
成键参数对密度影响很小，就是非键的问题，最多你再调调电荷

zdworld 发表于 Post on 2023-10-3 12:02:55

sobereva 发表于 2023-9-29 05:52
CS直接用sobtop创建基于GAFF力场的拓扑文件就完了，根本不需要也不应该基于Hessian产生谐振势形式的力常数
...

您好，我直接用sobtop的gaff力场参数化丙酮但是密度到了810 理论应该792，这种程度的偏差合理吗？如果基于DFT拟合键参数也差不多应该是非键参数的问题。

sobereva 发表于 Post on 2023-9-29 05:52:44

CS直接用sobtop创建基于GAFF力场的拓扑文件就完了，根本不需要也不应该基于Hessian产生谐振势形式的力常数
仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ11
而且网页里还都粗体字特意强调了

注：绝对不要以为什么时候都得像本例这样提供含有Hessian的文件并让Sobtop计算力常数。如果你要对普通有机体系产生拓扑文件，应该效仿的是例2直接用GAFF的参数，那是最省事的。老有人只看了本例，居然连例2都不看就去胡搞。也记得把FAQ10和FAQ11看了，搞清楚什么时候才有必要基于Hessian算力常数。

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