因为你用了martini CG water。你不光有自己的粗粒化粒子相互作用的term，还有你的粒子和martini CG water作用的term，你是没有做这里的参数化的。
如果你所谓的参考文献完全没有考虑CG water，那你和CG water作用的term(根据combination rule算出来的)显然有可能是很不合理的

对抗路达摩 发表于 2023-10-4 13:26
同时我想说的是 你这里的sigma或epsilon是怎么得到的

sigma取的是回转半径，epsilon是参考文献取的；猜测是三个角互相制约，所以取消了一个角的限制，这时分布就合理了。但现在问题是：我的体系好像一直都没平衡，用VMD观察发现盒子一直在增大，可能是哪里出了问题呢

同时我想说的是 你这里的sigma或epsilon是怎么得到的

因为你这里没有排除1 3粒子的nonbonded作用
显然角度是nonbonded参数和非键参数共同决定的。
你可以先把1 3作用排除 看是否分布会被键角的力常数和平衡位置影响
如果你想在保持1 3非键的情况下来复现分布 可以考虑迭代玻尔兹曼反演并使用多个不同平衡值和力常数的键角项，不过效果肯定没有在二面角中这么做好。

zdworld 发表于 2023-10-2 21:15
请问你处理二面角项了吗？

没有的 因为粗粒化完只有四个珠子  3个angle就把结构描述了  所以没有用二面角

请问你处理二面角项了吗？

还有提供mdp文件基本没有意义
重要的是你的拓扑文件 就是top和itp

可以使用迭代玻尔兹曼反演的方法，将全原子和粗粒化分布都转化为自由能，计算每个点的自由能差。将自由能差当成势能差加到每个势能格点上，重复此过程即可使得粗粒化自由能面和全原子自由能面较为一致。
当然你的case更直接的是直接将平衡角度设置成全原子的平衡角度，然后调整力常数来改变峰宽峰高。
就像第三个图你的平衡位置基本是对的，把力常数增大一倍左右可能就和全原子比较像。
还有你b0是键长的平衡位置，和键角的分布没有那么直接的关系。
最后就是粗粒化重要的是你要做什么。目的不同带来不同的参数化策略和参数化目标。你这个system要注意参数化你的bead和CG water的作用以及bead和bead的作用（如果你有多个bead的话）