sobereva 发表于 2023-10-26 08:21 收到，谢谢老师解答 |
xjw 发表于 2023-10-26 08:02 CM5电荷部分在气相下计算，乘1.2已经等效体现了溶剂效应的极化。但这是对水溶剂而言的，不适合其它溶剂。对其它溶剂，从原理上也没有比RESP2(0.5)更适合的 ligpargen直接给你的原子电荷对于当前情况并不是最理想的 |
sobereva 发表于 2023-10-26 05:47 收到。谢谢老师 老师，我看这1.2*CM5这脚本里面没有溶剂效应，是不用考虑嘛？ 还有就是如果我用opls力场就体系里面的阴离子要用文献中离子液体的力场，溶剂使用ligpargen，这个是不是不用修改电荷啊 |
xjw 发表于 2023-10-25 19:08 估计一个值或者用特征相近的溶剂的值凑合 OPLS-AA用1.2*CM5是首选 计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本 http://sobereva.com/585（http://bbs.keinsci.com/thread-21462-1-1.html） ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本 http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html） |
sobereva 发表于 2023-10-5 11:41 老师您好，如果实在找不到溶剂的介电常数，那是不是RESP2就不能用了啊，如果是这种情况应该使用哪种电荷呢？还有就是在这种体系中amber力场和oplsaa力场应该选择哪种力场更加合适呢？我看您博文里面说RESP2是对amber力场用的，那如果是oplsaa力场用哪种电荷合适呢？ |
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本帖最后由 xjw 于 2023-10-11 15:32 编辑 好的，谢谢老师 |
xjw 发表于 2023-10-11 12:29 是 |
sobereva 发表于 2023-10-11 11:26 就是说可能最后都是类似第一种过程那种情况吗？ |
xjw 发表于 2023-10-11 09:34 原理上跑无穷长时间结果是一样的 第二种模拟在300K下再跑几十ns看看 |
xjw 发表于 2023-10-6 18:32 把具体结构图贴出来，标注清楚你指的是哪些原子 |
sobereva 发表于 2023-10-5 11:41 老师您好，我用您给的方法计算RESP2电荷，但是相同环境的原子确不相同，这个应该怎么解决啊 |
sobereva 发表于 2023-10-5 11:41 收到，谢谢老师 |
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用分子实际所处的环境的介电常数算RESP2(0.5)电荷 RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算 http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html） |
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