sobereva 发表于 2023-10-10 21:35
1 愿意放哪就放哪，放哪都能载入VMD。除非你用了什么特殊的脚本
2 ESPext.bat里的文件名写成molden文件 ...

好的老师，明白了，谢谢您

ddddnight 发表于 2023-10-9 14:34
老师，有两个问题 1. 生成的cub文件是直接放在vmd可执行目录里直接用是吗
                           2 ...

1 愿意放哪就放哪，放哪都能载入VMD。除非你用了什么特殊的脚本
2 ESPext.bat里的文件名写成molden文件就完了，对于计算静电势来说molden和fch能提供给Multiwfn的信息一样

sobereva 发表于 2023-10-8 22:33
这个体系静电势分析没什么可做的。如果你是想得到被吸附部分的表面静电势分布信息，直接在CP2K里当二维周期 ...

老师，有两个问题 1. 生成的cub文件是直接放在vmd可执行目录里直接用是吗
                           2. 如果想看极值点，能不能把molden文件转换成fch文件，用ESPext.bat去生成所需要的.pdb文件呢

wzkchem5 发表于 2023-10-8 21:56
可以，参见https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/periodic_boundary_conditions.html

老师，刚才看了一下您发的网址，是不是把xtb嵌入到DFTB+中，利用DFTB+来算，然后生成molden.input

sobereva 发表于 2023-10-8 22:33
这个体系静电势分析没什么可做的。如果你是想得到被吸附部分的表面静电势分布信息，直接在CP2K里当二维周期 ...

好的老师，主要是想在论文里面加入点东西，丰满一下

这个体系静电势分析没什么可做的。如果你是想得到被吸附部分的表面静电势分布信息，直接在CP2K里当二维周期性用DFT计算静电势cube文件就完了，完全算得动。

wzkchem5 发表于 2023-10-8 21:56
可以，参见https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/periodic_boundary_conditions.html

好的，谢谢老师！

ddddnight 发表于 2023-10-8 11:31
xtb能算周期性体系吗，我之前在cp2k算的时候是XY周期的，Z方向用羟基饱和了

可以，参见https://xtb-docs.readthedocs.io/ ... ary_conditions.html

wzkchem5 发表于 2023-10-8 18:11
是不是把周期性体系直接当孤立体系算了，没有给断面补氢？

xtb能算周期性体系吗，我之前在cp2k算的时候是XY周期的，Z方向用羟基饱和了

是不是把周期性体系直接当孤立体系算了，没有给断面补氢？