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求助 openbabel将sdf格式转换成mol2或者pdbqt时出错

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Wey

发布时间: 2023-10-11 10:45

正文摘要:

本帖最后由 Wey 于 2023-10-11 11:12 编辑 openbabel将小分子sdf格式转换成mol2或者pdbqt时，转换出来的小分子用pymol或者DS打开，要么成平面，要么就是严重连接错误，这样的结构对接时能正常运行出结果；在转换 ...

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student0618 发表于 Post on 2025-6-16 21:00:29

本帖最后由 student0618 于 2025-6-17 00:11 编辑

SDF格式2D或3D都有的。
obabel转换可用 --gen3D

wilely 发表于 Post on 2025-6-16 17:05:47

有些可以，有些是平面结构。也不知道怎么解决？

yy_ds_yyds 发表于 Post on 2023-10-29 17:07:33

Wey 发表于 2023-10-11 21:16
经过一些探索，我发现在使用openbabel将2D的sdf转换成3D的sdf时，出现如下错误，Open Babel Error in Open ...

你好，请问你的问题解决了吗？我也碰到了这个问题。

Wey 发表于 Post on 2023-10-11 21:16:59

经过一些探索，我发现在使用openbabel将2D的sdf转换成3D的sdf时，出现如下错误，Open Babel Error in OpenBabel::OBBuilder::GetFragmentCoord Rigid fragment c1cccnc1 in rigid-fragments.txt has all zero coordinates.转换出来的结构时平面且连接错误的，这个erro该如何解决呀

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