姜酱将 发表于 2023-10-13 20:46
再请教一个问题，假设我的结构是由上到下：A B A，那么我建立top文件的时候是要#include A #include B #i ...

sobtop对每种单分子建立itp文件，此后每种分子的itp只需要include一遍
[molecules]里和结构文件顺序对应上就完了，比如pdb/gro文件里A、B交替一个一个出现，这个字段就写：
A 1
B 1
A 1
...

slxc920113 发表于 2023-10-12 17:38
先准备好每一个组分的pdb文件和对应的itp，二者的原子顺序需要保持一致；然后用packmol将各个pdb按照数目混 ...

再请教一个问题，假设我的结构是由上到下：A B A，那么我建立top文件的时候是要#include A #include B #include A 还是直接#include A #include B，然后在molecular type输入数量呢？

sobereva 发表于 2023-10-13 04:11
那叫moleculetype不叫moleculartype

假设你用packmol插入了200个A和100个B分子，你就用sobtop创建A和B各 ...

好的，谢谢社长的回复！

slxc920113 发表于 2023-10-12 17:38
先准备好每一个组分的pdb文件和对应的itp，二者的原子顺序需要保持一致；然后用packmol将各个pdb按照数目混 ...

谢谢您的回答，这对我很有帮助！

那叫moleculetype不叫moleculartype

假设你用packmol插入了200个A和100个B分子，你就用sobtop创建A和B各自的itp，假设moleculetype里名字分别叫A和B，在[molecules]里写
A 200
B 100
就完了，拓扑文件的原子顺序直接就和结构文件里的顺序对应。

根本不用管pdb里的残基名。用pdb2gmx的时候才需要管这个。

先准备好每一个组分的pdb文件和对应的itp，二者的原子顺序需要保持一致；然后用packmol将各个pdb按照数目混合成模拟的盒子，gromacs的top里面include对应的itp，并且组分的分子顺序和数目和packmol建模的适合保持一致即可，不需要管pdb里面具体是怎么写的，因为生成的gro文件会根据top文件里面的组分名称将原子分好组的。
你可以参考这个案例：https://autoff.readthedocs.io/en ... ml#phase-separation