| 团簇的变形是正常的，比如很多团簇负载到还原性团簇上由于强金属-载体相互作用会倾向于将自身摊平，可能比较大的团簇例如到了纳米级别的才能避免这种变形，因为它自身能够保持足够稳定了。 |
卡卡西永恒 发表于 2023-10-13 17:50 从计算合理性上讲，不应该固定 我之前做过一些计算，有时候小分子吸附会严重破坏原来的簇构型，特别是没做筛选随便搭的情况下 |
ykhuang 发表于 2023-10-13 15:53 谢谢回复，我再学习学习 |
yxzinc 发表于 2023-10-13 17:30 谢谢回复，我现在用的服务器CPU才32核，内存128G，跑aimd是不是不太行 是实验组，之前也没人做过DFT相关计算，现在就是慢慢摸索 |
Deepast 发表于 2023-10-13 16:34 谢谢回复，确实很吃力，课题组之前没人做过这方面的，也没啥经验 要是静态计算的话是不是就要把Cu原子固定，我参考的那篇论文他在计算过程中Cu团簇我看不出有什么变化，感觉他应该也固定了 |
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可以学习下南科大王阳刚老师的工作，他就是专门算这种的 你这个体系，cp2k用个几百核还是可以跑aimd的，甚至这种负载团簇模型的基础上，再加显式溶剂分子的模拟都有人做出来了 如果是专门做计算的课题组，这些计算资源应该勉强能拿出来。如果是实验组，建议寻求合作，要不然就只能静态计算随便糊弄下，祈祷别被审稿人怼 |
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有条件做AIMD是对的，首先动态情况下你怎么证明铜簇能一直保持这个构型(实际上可能远比图上变形大得多) 团簇吸附小分子后可能会导致团簇“散架”，团簇塌成两三层的结构 最后从最后一张图来看，动力学的影响很难忽略。 很多时候这种体系做静态计算是无奈之举，有的课题组对这个体系做个构象筛选都非常吃力了，甚至优化都做不动，更别说大量的AIMD采样。 |
卡卡西永恒 发表于 2023-10-13 10:45 1是为了采样势能面。我保证你现在都没有办法评估你建的模型的合理性。如果你最后真的算出来一个反应能垒很低，我说你就是为了凑数据才搭出来的那个模型，你该怎么反驳呢？ 2是你这个模型从建立到现在发现这些，然后发帖的原因 3是结构无序的情况，电镜一拍就变，xps没用，xrd啥也拍不出来，xas解不出来结构，aimd成本高，全都抓瞎 |
yxzinc 发表于 2023-10-13 12:40 不做MD已经快发不出去了，况且MD的优先采样到底够不够看，温度怎么设置合适，这个估计都要和审稿人扯个皮...真空条件下的团簇动态演变估计也快研究没了，反应条件下的团簇相图现在应该不少了... 现在这个楼主这个情况还是稍微有点危险，尤其是发文章... |
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你这情况很正常啊没什么问题，有非常多高水平的纯理论计算文章，就是研究吸附物存在情况下团簇的动态变化。 同意楼上说的，有条件要做aimd，才是一个合理的计算研究，如果只是 想充实下实验的文章，那么就比较随意了 |
ykhuang 发表于 2023-10-13 08:44 感谢您的回复，我对这方面懂的不多，还是有些疑问请教 （1）我之前没有跑过MD，跑MD的目的是为了什么呢 （2）您说的实验中过于静态的图像我没太理解是什么，是对催化剂催化过程表征出来的图像吗 （3）您说的尺度是指尺寸吗还是别的意思 |
| 看到团簇，我是审稿人我会先问你有没有跑过MD。在吸附下结构变化没啥问题，有问题的一直是做实验说的那种过于静态的图像。现在是团簇，属于模拟和实验都抓瞎的尺度，小心驶得万年船 |
| 确保SCF收敛正常的情况下，该怎么变形怎么变形。你当前用Multiwfn创建的输入文件没明显问题 |
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