fatpig 发表于 2023-12-22 10:27 我现在是计算一个反应的能垒，用的是“A和B放在一起优化后的能量”（即IRC曲线产物一端）作为零点，但是发现反应能垒太高了，但是实验中这个反应又能发生，所以对这个“零点”有点疑问。如果这样的话该用哪个零点呢？如果用”A和B分开单独优化的能量加和“的话，A和B的自由能应该校正（高级别单点能）之后再加和嘛？ |
jaywang7 发表于 2023-12-21 22:03 对。 如果你只是想研究某一条反应路径的反应机理，那么以“A和B放在一起优化后的能量”做为零点，以及以“A和B分开单独优化后的能量，再加起来”做为零点，都没什么关系。 如果你想比较不同的反应路径的能垒，那么应该以“A和B分开单独优化后的能量，再加起来”做为零点，这样才能保证不同的反应路径具备同一个零点，才能更好地进行比较。 至于这个“能量”是怎么算的，这由你自己决定，保持一致即可。 |
fatpig 发表于 2023-10-23 11:00 老师 我有个问题想请教下，您说的这个零点是不是就是IRC曲线产物一端的结构（反应配合物）进行频率计算以及单点能校正后的能量？还是说我的两个反应物分别单独进行优化计算再加和才是这个零点。如果是后面这种方法的话那是不是就是两个反应物A和B分别单独计算完之后自由能加和是这个零点？ |
fatpig 发表于 2023-10-23 11:00 好的，谢谢您的建议。我在重新算一下。 |
陈大事 发表于 2023-10-21 20:41 你没理解我的意思... 如果我没猜错的话，你所用的“反应物”只是一个中间体，你一直在讨论“过渡态”减去“中间体”的差值... 而事实上，因为牵涉到反应物的改变，不同反应中的这个中间体并没有直接换算的关系，不能直接进行能量比较，它并不是零点（即反应的起点）。 零点应该是“所有反应物单独的能量，再加起来”。“过渡态”减去“零点”的差值，才是可以进行比较的“能垒”。 |
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这很有可能是气相中（只加催化剂，无隐式溶剂）的反应物能量较高，导致能垒看起来变低。 加上隐式溶剂后，令反应物更稳定，能量降低，但对过渡态作用不大，导致看起来能垒变高。 |
| 好的，非常感谢您的回复，我下去好好学一下ONIOM、QM/MM如何做显式溶剂化。 |
陈大事 发表于 2023-10-13 06:02 如果程序崩溃，不能简单地认为一定是因为体系太大，必须仔细检查输出文件，有可能是其他的报错原因。 如果确实是因为体系太大，宁可用ONIOM、QM/MM做显式溶剂化（溶剂分子用低级别），也不要只做隐式溶剂化 |
| 老师，我想请问下，是隐式溶剂在这种情况下已经没有办法讨论了吗？显示溶剂，我有考虑过，但由于我的模型物体系较大，加上催化剂后，计算能力有限。因为在计算搜索隐式模型和催化剂催化条件下得过渡态的时候，有多次卡蹦了。所以，还有其他的办法吗？ |
| 注意考虑NaOH催化时用显式溶剂的必要性 |
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