huashang 发表于 2023-10-15 15:31
多谢，我按照你提供的方法，发现了异常的化学键，我该如何解决，我并不清楚变成这样的原因。

在tleap中加载力场后，使用saveoff命令可以保存残基的信息，例如

1. source leaprc.GLYCAM_06j-1
   
2. saveoff 4GB 4GB.lib
   
3. quit

复制代码

可以看到ROH残基的O1原子与下一个残基相连，
4GB残基的C1原子与上一个残基相连，O4原子与下一个残基相连，
0GB残基的C1原子和上一个残基相连。
根据这些原子的坐标可以看出，3个4GB残基的顺序反了。

Serious 发表于 2023-10-15 11:00
1）你仔细看看输入"crystal.pdb"，原子编号错乱，相同坐标能有多个单体；
2）由不好的输入导致tleap生成 ...

我将原子编号重新进行排序，依然出现了警告

huashang 发表于 2023-10-14 11:52
不好意思，是我考虑不周
1.我上传的pdb文件是使用tleap保存出来的，和我载入的pdb文件结构相同，在这附 ...

1）你仔细看看输入"crystal.pdb"，原子编号错乱，相同坐标能有多个单体；
2）由不好的输入导致tleap生成的结构，unit排序不是连贯的：比如结构上本应编号为2的糖，在pdb文件中却为3，所以tleap才有warning；

根据tleap的提示，有一些键的长度明显偏大，可能是因为pdb和力场文件的要求不匹配。
用VMD打开tleap产生的prmtop文件，文件类型选择amber parm7，然后再载入PDB，这样就会显示prmtop文件中的化学键，从而找出异常的键并进一步排查。

1）你上传的pdb文件和tleap的输入"crystal.pdb"是一样的吗？
2）不知道“扭曲”是指什么；
3）可以先做单链的能量最小化，看看变化；