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优化中间体为何得到了产物的结构?

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发布时间: 2016-9-8 21:30

正文摘要:

最近在算过渡态,优化一个中间体,为何优化几步后中间体的o-o化学键就断裂了,优化结果一直在向生成物靠拢?是说明这个中间体不能稳定存在么?以下是我的log文件,希望前辈解答

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珊珊来迟 发表于 Post on 2016-9-11 14:56:04
liyuanhe211 发表于 2016-9-9 09:50
我觉得从这个反应的描述来看确实可能是无势垒的。
你可以从底物的构象开始,柔性扫描O-O键键长(不是刚 ...

老师听您的建议,我柔性扫描了O-O键长,结果显示这个中间体的能量是最高的,随着键长的增加,能量逐渐降低,扫描方向上无极大值。是不是已可以说明两个结构之间不存在过渡态了
liyuanhe211 发表于 Post on 2016-9-9 09:50:06
珊珊来迟 发表于 2016-9-8 22:44
恩恩,下次记着压缩。这个中间体是苯甲位上连着ooR,然后C原子上差个氢。产物是掉下来个RO•,生成C= ...

我觉得从这个反应的描述来看确实可能是无势垒的。
你可以从底物的构象开始,柔性扫描O-O键键长(不是刚性扫描),步长稍微小一点,看看能不能找到一个扫描方向上的极大值,有的话用极大值做过渡态初猜,没有的话说无势垒也够了。

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珊珊来迟 发表于 Post on 2016-9-8 22:44:07
liyuanhe211 发表于 2016-9-8 22:11
没看懂你这是啥中性的自由基反应,要是苯甲位自由基的过氧化差个氢。如果没画错的话,这样的自由基化合(分 ...

恩恩,下次记着压缩。这个中间体是苯甲位上连着ooR,然后C原子上差个氢。产物是掉下来个RO•,生成C=O双键,我的表达能力有限,不知老师有没有听懂我说的啥。。是说我可以对这个中间体做柔性扫描构建势能曲线看有没有势垒是么?没有的话是说明这两个分子间不存在过渡态么?
liyuanhe211 发表于 Post on 2016-9-8 22:11:29
没看懂你这是啥中性的自由基反应,要是苯甲位自由基的过氧化差个氢。如果没画错的话,这样的自由基化合(分解)确实有可能是无势垒的,之前算的一个就是。可以通过柔性扫描在一定程度上确定这一结论。
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