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几种基于氨基酸序列构建很简单蛋白质三维结构的工具

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sobereva

发布时间: 2023-10-15 21:25

正文摘要:

几种基于氨基酸序列构建很简单蛋白质三维结构的工具Several tools for constructing three-dimensional structures of very simple proteins based on amino acid sequences 文/Sobereva@北京科音 2023 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-10-16 23:25:33

对抗路达摩发表于 2023-10-16 14:32
居然提到了我的toy script，受宠若惊。
最近还在考虑用python胶水把multiwfn，gaussian, sobtop粘起来做一 ...

看起来可行，挺好

对抗路达摩 发表于 Post on 2023-10-16 14:32:23

居然提到了我的toy script，受宠若惊。
最近还在考虑用python胶水把multiwfn，gaussian, sobtop粘起来做一个半傻瓜式的非天然氨基酸GAFF建模的工作。目前基础的思路是从ACE-X-NME出发结合量化结果和sobtop做gromacs的top文件。然后再手动把top里面摘出来rtp和hdb。摘出来RTP的过程参考了openMM的读gromacs的接口，简单地说就是手动search每一个bonded，angle,dihedral的term和数值然后转到rtp里面。不知道sobereva老师对此有何建议。

喵星大佬 发表于 Post on 2023-10-16 01:55:03

本帖最后由喵星大佬于 2023-10-16 02:23 编辑

Discovery Studio Visualizer应该是干这事情最舒服的界面了，而且还是学术免费的
可以设定蛋白的常见二级结构，也可以用自定义的Phi/Psi延伸，可以封端，导出的pdb也比较规矩
正反方向延伸，突变特定氨基酸，手动做非标准残基，修改特定的键长键角二面角这些都很方便
同时可以做核酸的结构，单/双链，A/B/Z的，DNA/RNA/LNA，突变已有结构等等

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