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求助:使用Gromacs探究不同pH下蛋白质的质子化问题

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发布时间: 2023-10-15 22:17

正文摘要:

各位老师好,我想探究不同pH下,蛋白质与小分子的互作,首先我将蛋白质导入H++在线网站,并得到了pH=6下的蛋白质的pdb文件,但我在GMX使用-inter进行质子化时,命令界面一直保持着以下的状态,请问我是哪一步出了问 ...

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Frozen-Penguin 发表于 Post on 2023-10-16 00:25:41
这是pdb2gmx程序发现这两个CYS之间可能有二硫键相连,询问是否需要连接。输入y然后确定就可以了。
默认情况下程序找到二硫键会自动连接,打开-inter选项后就会询问。

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