pengliyuan 发表于 2023-10-16 18:36
您说的分段模拟是在npt.mdp文件中设置吗，还是进行多次不同ps的npt？

分别写几个mdp文件，分开运行

pengliyuan 发表于 2023-10-16 18:27
感谢大佬的解答~

您说的分段模拟是在npt.mdp文件中设置吗，还是进行多次不同ps的npt？

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-16 15:59
报错信息说化学键长度超过规定的上限，一般化学键长度的变化不会很大，这说明模拟体系崩溃了。
由于模拟过 ...

感谢大佬的解答~

报错信息说化学键长度超过规定的上限，一般化学键长度的变化不会很大，这说明模拟体系崩溃了。
由于模拟过程中压强变化较大，可以使用gmx energy输出模拟过程中的体积或压强，如果在报错之前出现大幅度变化，说明可能是控压导致体系崩溃。
如果是这种情况，可以减小tau_p，使控压算法的调节更平缓，或者分段模拟，每一段设置不同的压强，逐步加压而不是一步到位。