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求助 autodock vina 批量对接，有的可以，有的报错

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Wey

发布时间: 2023-10-16 16:30

正文摘要:

本帖最后由 Wey 于 2023-10-16 21:48 编辑用autodock vina 批量对接，大多数没有问题，有的没有对接结果，单独对接发现没有结果的都是这种报错，Parse error on line 185 in file "Lig7.pdbqt": Unknown or ...

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c00jsw00 发表于 Post on 2023-10-26 07:11:35

1.安裝好後會在C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.7\Lib\site-packages\AutoDockTools\Utilities24>python prepare_ligand4.py
2.可以使用cmd(要使用root進入) 進入該目錄 (也可以把MGLTOOL 安裝到其他目錄)
3.執行prepare_ligand4.py -l ligand.mol2 -o ligand.pdbqt 就可以產生
4.建議還是使用linux 比較方便
YT

Wey 发表于 Post on 2023-10-17 10:50:31

c00jsw00 发表于 2023-10-17 03:03
應該是ligand.pdbqt裡面資訊有問題建議:
1.安裝mgltools
2.prepare_ligand4.py -l ligand.mol2 -o ligand ...

谢谢您的建议~已经安装了window版本的mgltools，不知该版本能否批量转换小分子格式
尝试了一些办法但并未成功转换，能否请您说一下大致步骤，谢谢您~

c00jsw00 发表于 Post on 2023-10-17 03:03:37

應該是ligand.pdbqt裡面資訊有問題建議:
1.安裝mgltools
2.prepare_ligand4.py -l ligand.mol2 -o ligand.pdbqt

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