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求助：pmemd的输出1-4 VDW值为什么很大？

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灵芝5

发布时间: 2023-10-18 12:44

正文摘要:

本帖最后由灵芝5 于 2023-10-18 12:45 编辑老师，您好！我搭建了一个膜蛋白加小分子的体系，用amber18跑模拟。在第一步能量最小化时，min.out文件中的1-4 VDW值很大，大约=54249850.3830，请问这是有问 ...

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student0618 发表于 Post on 2024-6-24 13:58:26

alee1046 发表于 2024-6-21 15:35
您好我也遇到了我是charm-gui生成的膜结构最小化完了 1-4VDW和bond还有eamber 是很大的非常大加热 ...

檢查一下結構有沒有重疊的原子或其它不合理的地方。
如果使用CHARMM-GUI生成的input文件可能要修改一下或再加一個minimization step。加熱前最小化的Input file不要加position restraint 看看能不能解決問題。CHARMM-GUI 提供的文件有機會限制了水以外所有分子。

alee1046 发表于 Post on 2024-6-21 15:35:27

您好我也遇到了我是charm-gui生成的膜结构最小化完了 1-4VDW和bond还有eamber 是很大的非常大加热直接报错。生成膜结构之前做过最小化但加了膜跑md的时候就是搞不下去

abdoman 发表于 Post on 2023-10-19 08:40:16

灵芝5 发表于 2023-10-18 20:22
谢谢老师答复。

请问这些值的解释说明大约在amber18手册的第几章呢？

这个错误是用GPU跑heat 经常容易出现的。就是你heat过程中，density前后变化太大。
2个办法：
1. 用cpu跑。heat本来时间短，cpu 也不会差太多。
2.用gpu跑，但是切割成多个文件。比如你heat整个跑100ps，那就10ps一个文件。

但这仅仅是解决了程序计算问题，至于你体系为啥是正值，就不得而知了。

abdoman 发表于 Post on 2023-10-18 16:39:20

amber说明书有解释，或者搜一下就有。
比如：http://archive.ambermd.org/201308/0239.html

话说，你这个咋是正值，而且还这么大呢？

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