此类问题http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里该说的都说了，没有任何可补充的。
而且你传的gro文件都不是实际体系，别人都没法对照top判断。小分子的itp也不上传，别人都没法检查。
水中的小分子、蛋白+水，简单体系都跑通了再说组合再一起的事。


如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “进行nvt平衡时，mdrun过程” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。