sobereva 发表于 2023-10-22 02:41
只要单分子初始结构不离谱，就没必要结构优化。本来分子间相互作用就会明显影响分子构象，对单分子优化了也 ...

好的，谢谢sob老师的解答，豁然开朗！

只要单分子初始结构不离谱，就没必要结构优化。本来分子间相互作用就会明显影响分子构象，对单分子优化了也是白优化。有优化单分子意义的情况仅是初始结构太烂，诸如都有离谱的键长键角。

另外，优化构象和构象搜索是两码事。gentor的目的是构象搜索。如果仅仅是基于一个初猜结构优化构象的坐标，不牵扯gentor，直接自行用Gaussian、xtb之类程序优化就完了。

18392667184 发表于 2023-10-21 11:18
单分子xtb优化，你这体系应该会特别快。然后让genmer产生二聚体构型，完了xtb优化二聚体。

好哒谢谢老师！

单分子xtb优化，你这体系应该会特别快。然后让genmer产生二聚体构型，完了xtb优化二聚体。