除非你把所有操作从头到尾一条不差完整列出来，否则没人能告诉你为什么不相符
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

谁知道你指的“网上”指什么，完全无效的描述

warning不用管。note提示你需要加抗衡离子

顺带一提，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）有极其完整详尽的蛋白质模拟例子，所有命令全都一条不落给出，严格照着做就不会有任何问题，更不会出现什么不相符问题，warning和note的原因和需要考虑的相关问题也都明确作了说明。