http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ4都刻意强调了：

FAQ 4：离子液体的拓扑文件怎么产生？阴阳离子合在一起处理还是分开处理？
我强烈建议（这也是GROMACS的良好使用习惯），对体系中每种通过bond项（用于描述有显著共价特征的化学键，也包括配位键）连接到一起的片段，单独用Sobtop产生拓扑文件，并计算其原子电荷。比如离子液体，由于阴阳离子间是非共价作用，因此就应当对阳离子和阴离子分别照常产生拓扑文件，然后把二者的itp都include到主top文件里，并且把二者中的[ atomtypes ]也都合并、去重后挪到主top的[ defaults ]字段的后面去。


另外，当前的拓扑文件字段顺序也存在问题。没具体文件没法准确回答。