Graphite 发表于 2023-10-27 20:23
可能跟体系有关系，也可能跟硬件、操作系统有关系。建议先从头读读gmx文档中对mdrun和性能调优的页面。这 ...

OK，谢谢老师，您的建议对我帮助十分大

moritaichi 发表于 2023-10-26 23:18
太诡异了，再用gmx mdrun -v -ntmpi 1 -ntomp 12 -nb gpu -pme gpu -update gpu -pin on -deffnm md跑10W ...

可能跟体系有关系，也可能跟硬件、操作系统有关系。建议先从头读读gmx文档中对mdrun和性能调优的页面。这些指令只是按钮，关键得了解机器（程序、算法）背后是怎么运作的。如果要排除软件和系统因素，可以先去租半天卡（也就几十块钱），试下原生linux、正常安装最新gpu加速版gmx的运作情况。

Graphite 发表于 2023-10-26 21:50
你的mdp里面或者top文件里面一些设置跟-bonded gpu冲突，先这样测一下看看：
export OMP_NUM_THREADS=
...

太诡异了，再用gmx mdrun -v -ntmpi 1 -ntomp 12 -nb gpu -pme gpu -update gpu -pin on -deffnm md跑10W原子水盒子这个体系也是到step 0 就自动终止了，完全蒙了。

Graphite 发表于 2023-10-26 21:50
你的mdp里面或者top文件里面一些设置跟-bonded gpu冲突，先这样测一下看看：
export OMP_NUM_THREADS=
...

非常感谢大佬，我明后两天再来重装一个新版的gmx试试。
现在初步跑了一个10W原子的水盒子，cut-off用的1.2，在win原生gmx下，export OMP_NUM_THREADS=12命令提示无效，不过gmx mdrun -v -ntmpi 1 -ntomp 12 -nb gpu -pme gpu -update gpu -pin on -deffnm md命令下，大概有3000W原子*ns/day。这个状态下显卡功耗成功拉到了250W。WSL2与WIN原生的速度也几乎没有任何区别（显卡也成功被拉到250w）。
我本想跑大一点的，90W原子的体系（20nm的立方体水盒子）就完全卡在step 0 不动了，也很诡异。

moritaichi 发表于 2023-10-26 18:51
大佬，我刚刚想试试换个大体系，就建了个50*50*50nm的纯水立方盒子，大概1200万原子，奇怪的是每次gmx md ...

你的mdp里面或者top文件里面一些设置跟-bonded gpu冲突，先这样测一下看看：
export OMP_NUM_THREADS=<总线程数或略小于总线程数>
gmx mdrun -v -ntmpi 1 -ntomp <上面那个值> -nb gpu -pme gpu -update gpu -pin on -deffnm <名称>


gmx mdrun性能调优还是有一定深度的，之后批量上任务建议先仔细看看gmx document。
另外建议早日升级到2023版gmx，这两年加速和硬件支持还是有不小更新、改动的。

Entropy.S.I 发表于 2023-10-26 14:11
wsl本质上还是Windows，无法设置CPU affinity

感谢熵神，WSL2琢磨完了就给这台机子装linux

体系确实太小了，因为不管GPU算多快、有些工作的负载仍然是和体系结构刷新速度有关，会因为这部分产生瓶颈。对多数平台大概是500 ns/day（2 fs步长大概3000步/秒）左右开始产生瓶颈。

你这样才1200万atoms × ns / day不到，可以试试把体系扩64倍跑几分钟，看看原子数×速度（ns/day）是多少。

用2 fs，1.0 nm cutoff，常规分子体系，1.0 g/mL左右的密度，4090的至少有4500万atoms × ns / day，3080大概是2000万。

moritaichi 发表于 2023-10-26 13:54
我个人又测试了在WSL2中编译gmx2020.6，结果和在win系统下差不多，感觉不是win系统效率太差，应该是系统实 ...

wsl本质上还是Windows，无法设置CPU affinity

我个人又测试了在WSL2中编译gmx2020.6，结果和在win系统下差不多，感觉不是win系统效率太差，应该是系统实在太小了。

Entropy.S.I 发表于 2023-10-23 16:30
使用原生Linux。Windows下甚至无法设置CPU affinity，不负责任地推测一下，即使把所有能做的调优都做好（包 ...

OK，感谢熵神

使用原生Linux。Windows下甚至无法设置CPU affinity，不负责任地推测一下，即使把所有能做的调优都做好（包括本地编译以启用针对sm89的flag、并且-bonded gpu -update gpu），4090实际发挥出来的性能可能连4080都不如。

体系过小也是一个主要原因，我的基准测试起步就是16.9万原子，上到100万乃至1250万原子。