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如何作出轨迹的（平均）二级结构概率与残基的关系图

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lpldtxdy

发布时间: 2023-10-23 14:39

正文摘要:

各位好，请问要用什么方法或者软件可以做出一段轨迹的二级结构概率与残基的关系图，大概是这个样子：纵坐标是β-strand probability 看了很多库，在网上也搜了很多，但是好像没有找到可以实现的方法，请大家 ...

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lpldtxdy 发表于 Post on 2023-10-24 11:02:18

sobereva 发表于 2023-10-24 04:21
VMD自带的stride，以及DSSP，都可以得到各个时刻各个残基的二级结构
诸如某个残基在1000帧轨迹里有400帧都 ...

谢谢社长！

sobereva 发表于 Post on 2023-10-24 04:21:43

VMD自带的stride，以及DSSP，都可以得到各个时刻各个残基的二级结构
诸如某个残基在1000帧轨迹里有400帧都判断成了beta，那么这个残基的beta的概率就是40%
显然把各个时刻各个残基的二级结构提取出来，写个程序统计就完了

我在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里讲VMD tcl脚本编写时给了一个我写的统计二级结构的脚本，体现了残基二级结构的查询，可以在此基础上举一反三

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