请教一下您，我是新手，也遇到了同样的问题，如下图：atom3737是H原子，atom3739是另一个水分子的O原子。
如果是两相体系，有水分子和甲烷分子。在[molecules]中水分子在甲烷分子之前，那么.pdb文件中的所有水分子都要出现在甲烷分子之前吗？
我的.pdb文件是通过Multiwfn生成的3*3*3的水合物超胞，这样生成的文件中，水分子和甲烷分子顺序是混乱的。怎么能够快速地把.pdb文件中两种分子的顺序排列好呢？

谢谢社长果然是结构文件中顺序混乱导致的

检查一下[molecules]和gro文件的对应关系，看看是不是原子/分子顺序错了