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使用sobtop生成改性SiO2itp文件,扩大二氧化硅后能量最小化不成功

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Jus
发布时间: 2023-10-23 23:09

正文摘要:

本人使用sobtop生成改性二氧化硅的itp文件,此前二氧化硅尺寸是40*40*14,能量最小化以及之后的动力学模拟都没有问题。 现准备建60*60*14的改性二氧化硅,同类的模型能量最小化始终不成功。我调整了dat文件中的相关 ...

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thduan 发表于 Post on 2023-11-22 20:13:21
Jus 发表于 2023-10-31 13:33
好的老师,已解决

你好,请问你这个问题是怎么解决的啊,我也遇到了同样的问题
Jus 发表于 Post on 2023-10-31 13:33:19
sobereva 发表于 2023-10-24 03:47
既然之前40*40*14都没问题,那大概率就不是参数和AT_assign.dat的问题。检查sobtop的输入文件,看看里面成 ...

好的老师,已解决
牧生 发表于 Post on 2023-10-24 09:18:51
疑问:-OH中的氧原子参数合Si-O的氧原子参数不一样,它们的名字能一样吗?
sobereva 发表于 Post on 2023-10-24 03:47:18
既然之前40*40*14都没问题,那大概率就不是参数和AT_assign.dat的问题。检查sobtop的输入文件,看看里面成键关系的记录是否有问题,并且注意看sobtop载入文件后显示的成键关系,看看诸如跨盒子的键有没有被识别等等。并且注意看提示里受力非常大的原子所在的位置,看有无异常。

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