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求助：纤维素的RMSD始终无法稳定

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huashang

发布时间: 2023-10-25 18:10

正文摘要:

我的体系中包含1条纤维素链和512对离子液体，在动力学模拟中，纤维素的RMSD始终无法稳定，观察轨迹，发现纤维素的构象总是在不断地变化，没有办法稳定下来。我的问题是，在这种情况，该如何判断体系是否平衡，可以 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-10-29 00:49:41

huashang 发表于 2023-10-28 14:43
好的，我还想问一下离子液体的阴阳离子在计算RESP电荷时，可以直接使用您提供的那个RESP.sh那个脚本吗？

不直接适用
因为那个脚本会让你输入Gaussian自带的溶剂，但自带的溶剂里没有离子液体
因此应当自己用Gaussian做优化、得到fch文件，再手动按下文用Multiwfn算RESP电荷
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

Gaussian计算时用的溶剂此时需要自定义，参考下面说的
通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂环境的方法
http://sobereva.com/431（http://bbs.keinsci.com/thread-10607-1-1.html）

huashang 发表于 Post on 2023-10-28 14:43:12

sobereva 发表于 2023-10-28 03:42
跟优化没关系

如果从结构上来看此纤维素就是没唯一稳定的构象，那就接受当前结果就完了

好的，我还想问一下离子液体的阴阳离子在计算RESP电荷时，可以直接使用您提供的那个RESP.sh那个脚本吗？

sobereva 发表于 Post on 2023-10-28 03:42:39

huashang 发表于 2023-10-27 11:22
sob老师，续跑50ns以后仍然无法平衡，我的纤维素模型是直接使用cellulose-build构建的，没有经过优化，是 ...

跟优化没关系

如果从结构上来看此纤维素就是没唯一稳定的构象，那就接受当前结果就完了

huashang 发表于 Post on 2023-10-27 11:22:27

sobereva 发表于 2023-10-26 08:19
氢键数目基本不变可以说明纤维素和溶剂的相互作用基本平衡，但这和纤维素构象达到平衡是两码事
可以再跑50 ...

sob老师，续跑50ns以后仍然无法平衡，我的纤维素模型是直接使用cellulose-build构建的，没有经过优化，是否是这个原因导致它迟迟无法平衡？

sobereva 发表于 Post on 2023-10-26 08:19:07

氢键数目基本不变可以说明纤维素和溶剂的相互作用基本平衡，但这和纤维素构象达到平衡是两码事
可以再跑50ns观望

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