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求助:vasp中运用NEB寻找过渡态,结果有误不知道怎么处理

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发布时间: 2023-10-26 21:10

正文摘要:

本帖最后由 红烧肉盖饭 于 2023-10-27 23:24 编辑 我的输入文件如附件,用dist.pl查看距离之后,用得出的数值除以0.8确定的插点数。 用nebmake.pl方法插的点。但是一直存在几个问题。 1、如图一。用nebef.pl ...

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Guixi 发表于 Post on 2025-12-8 10:50:29
ttwoshipzh 发表于 2024-1-26 12:34
我nebef.pl后只有0 1 2 我插了4个点

请问您解决了吗,我也有类似问题,显示不完全我的插点数
Guixi 发表于 Post on 2025-12-8 10:49:29
红烧肉盖饭 发表于 2024-1-27 18:46
这个有可能是之前的计算结果自动kill掉了,没有移动到前台来。需要把计算脚本的文件修改一下。
我们组的 ...

我也是,我插了15个,只是显示5个点,这是啥原因呢?
红烧肉盖饭 发表于 Post on 2024-1-27 18:47:58
ttwoshipzh 发表于 2024-1-26 12:34
我nebef.pl后只有0 1 2 我插了4个点

有可能还是我上一个回复您的原因。
抱歉,我只遇到过一个都没有的和结果全都存在的,没遇见过只出现一个插点的。
红烧肉盖饭 发表于 Post on 2024-1-27 18:46:52
ttwoshipzh 发表于 2024-1-26 12:33
我想问下 我现在是只有3行数据,我看你刚开始只有2行,后面都显示了,是怎么做的啊

这个有可能是之前的计算结果自动kill掉了,没有移动到前台来。需要把计算脚本的文件修改一下。
我们组的计算脚本是算完之后为了不占用内存会自动删掉,但是中间插点的部分不能直接看到,只能进入节点查看。所以我是把要求删除的那部分脚本删了。计算结束之后,进入那个节点,在粘贴到计算的文件夹里
ttwoshipzh 发表于 Post on 2024-1-26 12:34:07
我nebef.pl后只有0 1 2 我插了4个点
ttwoshipzh 发表于 Post on 2024-1-26 12:33:32
我想问下 我现在是只有3行数据,我看你刚开始只有2行,后面都显示了,是怎么做的啊
千纸梦 发表于 Post on 2023-12-15 17:45:47
这个不像有过渡态的,但还是把movie.xyz拿出来看一下。
红烧肉盖饭 发表于 Post on 2023-12-14 16:22:05
超级核潜艇 发表于 2023-11-29 09:20
你还需要结合结构来看一下,如果确实结构上也是你想象中那样,那有可能就是没有过渡态。

谢谢老师回复,结构确实不太一样,键拉长了,是过渡态。
超级核潜艇 发表于 Post on 2023-11-29 09:20:07
你还需要结合结构来看一下,如果确实结构上也是你想象中那样,那有可能就是没有过渡态。
CHLllooll 发表于 Post on 2023-11-23 20:20:40
红烧肉盖饭 发表于 2023-11-4 09:55
各位老师好,我重新提交之后,各插点也已经收敛。但是根据nebef.pl的结果所示,能量是持续下降的。看起来没 ...

用nebbarrier.pl 和nebspline.pl看一下,是不是平滑得下降,我感觉应该不是
红烧肉盖饭 发表于 Post on 2023-10-28 09:58:09
123wo 发表于 2023-10-28 09:54
你的脚本nebef.pl为啥只显示出初末态的能量呢,兄弟,这个不应该连着被插值的各帧的能量都出来吗

诶呀,非常感谢。我一直以为这个1是插点01的能量值呢,没往是末态上想。因为我是在集群里算的,可能是因为输出都在后台,需要复制出来。我处理一下,谢谢。
123wo 发表于 Post on 2023-10-28 09:54:57
你的脚本nebef.pl为啥只显示出初末态的能量呢,兄弟,这个不应该连着被插值的各帧的能量都出来吗

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