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使用gmx genion命令加离子数目不匹配的问题

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LNN

发布时间: 2023-10-27 11:50

正文摘要:

老师好，各位好，最近进行磷脂双层膜模拟，使用gmx genion命令添加镁离子和氯离子，就是MgCl2 命令如下： gmx genion –s ions.tpr –o dppc_mg.gro –p system.top –pname MG –conc 0.15 –neutral 这个命令 ...

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snljty2 发表于 Post on 2023-10-30 12:51:30

LNN 发表于 2023-10-30 10:41
老师好，感谢老师解答！
输入which gmx 没有任何显示，直接开始下一命令了。
输入gmx -version 显示gmx ...

我只能说，不会覆盖，装在同一个目录没有问题。既然你说没有装在同一个目录，那你应该用哪个就source哪个目录的bin/GMXRC呀。

LNN 发表于 Post on 2023-10-30 10:41:21

本帖最后由 LNN 于 2023-10-30 11:54 编辑

snljty2 发表于 2023-10-28 23:32
说清楚什么叫“不能使用”，正确source 对应版本安装目录下的bin/GMXRC文件后，输入which gmx显示什么？

老师好，感谢老师解答！
输入which gmx 没有任何显示，直接开始下一命令了。
输入gmx -version 显示gmx not found
是不是因为安装双精度gromacs在.bashrc下source双精度版本会覆盖原来的gromacs呢？

snljty2 发表于 Post on 2023-10-28 23:32:47

LNN 发表于 2023-10-28 11:38
ok可以啦，谢谢老师！
老师，我还有个其他问题：
在Ubuntu安装了双精度gromacs之后可以使用gmx_d命令， ...

说清楚什么叫“不能使用”，正确source 对应版本安装目录下的bin/GMXRC文件后，输入which gmx显示什么？

LNN 发表于 Post on 2023-10-28 11:38:01

sobereva 发表于 2023-10-28 04:55
要么直接指定两类离子加的数目，要么指明离子的净电荷。

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http: ...

ok可以啦，谢谢老师！
老师，我还有个其他问题：
在Ubuntu安装了双精度gromacs之后可以使用gmx_d命令，但是不能用gmx命令，原单精度gromacs添加了CUDA toolkit，两种gromacs不在同一文件夹，为什么也不能使用gmx命令呢，这样的话，我需要重新安装支持CUDA GPU加速的版本吗？感谢老师解答！

sobereva 发表于 Post on 2023-10-28 04:55:44

要么直接指定两类离子加的数目，要么指明离子的净电荷。

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

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