qjy111 发表于 2023-10-28 04:34
谢谢老师的解答，下面是问题3的结构差别，想请老师看一下
3.离子对阳离子角度位置固定条件下，左边的是m ...

3. 是不是溶剂、色散校正等细节处理不一样？如果自己检查不出来，把构象搜索和后续优化的完整高斯输入文件（注意不是molclus输入文件）贴上来
5. 构象搜索和势能面扫描一般只需要做一个（势能面扫描相当于一种构象搜索，当所有二面角都扫描时，比一般构象搜索算法可靠，但耗时高很多；当只扫描一小部分二面角的时候，比一般构象搜索算法快，但可靠性差很多）。除非你不是完全信任你的构象搜索方法有没有把构象搜全，重新做系统性的势能面扫描又算不动，那可以考虑补充一个只扫描一小部分二面角的势能面扫描

1. 溶剂模型的隐式溶剂部分按http://sobereva.com/327的混合溶剂写法来处理；显式溶剂部分如果直接把摩尔数换算成分子数，未必合理，因为溶质可能选择性地亲和其中一种溶剂，导致溶质分子周围溶剂的局部摩尔分数和总体的摩尔分数不符。严格的做法是做构型搜索，确定当前的溶剂摩尔分数下溶质的第一配位层的最优组成；如果这样做太麻烦，且已知待求量不太受溶剂摩尔分数影响，那么按你说的方法把摩尔分数简单换算成溶剂分子比例也可以考虑，但前提是溶剂的隐式部分必须考虑且介电常数设置正确
2. 原则上文章有义务把这个写清楚。假如确实没写清楚，只能让人猜的话，你说的确实是最合理的猜测
3. 具体多不一样？
4. 一般不唯一，参见https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2022/SC/D2SC02274E