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cp2k对250个原子的高熵合金优化时出现“exited on signal 9(killed)”报错怎么解决?

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发布时间: 2023-10-30 20:23

正文摘要:

各位老师好!我在使用CP2K尝试对250个原子(5种元素)的高熵合金超胞进行原子坐标和晶胞优化时出现了"mpirun noticed that process rank 2 with pid 0 on node hx-ubt exited on signal 9 (killed)."的报错,请问 ...

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墨茶茶 发表于 Post on 2023-11-15 16:47:59
啊不错的飞过海 发表于 2023-11-2 02:07
不一定是gfortran的问题,看看elpa安装目录底下的config.log,有时候一些检查项目之外的问题也会导致过不 ...

不好意思老师忘了回复您了,我当时试了好多方法,发现应该就是mpi配置的问题,但由于我手头这台工作站使用年限也比较长了,经手的人也比较多,系统没人维护,里面各种各样的问题都有,由于老板也在用我又没办法重装系统,我尝试了很多配置mpi的方法都不能通过编译,所以我最终放弃在这台工作站上编译CP2K了
啊不错的飞过海 发表于 Post on 2023-11-2 02:07:29
墨茶茶 发表于 2023-10-31 21:43
老师您好,我按您的建议source ${CP2K}/tools/toolchain/install/setup之后没有效果,之后我又ldd和which ...

不一定是gfortran的问题,看看elpa安装目录底下的config.log,有时候一些检查项目之外的问题也会导致过不了configure。以及检查下/usr/lib,可能你装在/usr底下的这个mpi没有mpi.mod。
啊不错的飞过海 发表于 Post on 2023-10-31 18:23:09
你source ${CP2K}/tools/toolchain/install/setup试试看。ssmp的有什么问题吗?
以及,/path/to替换成你的可执行文件的实际位置。
啊不错的飞过海 发表于 Post on 2023-10-31 13:00:19
墨茶茶 发表于 2023-10-31 10:22
老师好,我用了--map by core也没用,当我尝试用-n 4时,top命令显示有4个进程占用率100%,但没过多久程 ...

你就是那个mpich和openmpi都装了的那个是吗,尝试ldd /path/to/cp2k.psmp排查下cp2k链接情况,以及which mpirun看看你在用哪个mpi,我猜链接的和在用的不是一套
墨茶茶 发表于 Post on 2023-10-31 10:22:50
啊不错的飞过海 发表于 2023-10-30 22:45
你的MPI设置有问题吧,命令行里-n 44,输出第15行怎么显示只有一个MPI进程?
命令行里加个--map-by core试 ...

老师好,我用了--map by core也没用,当我尝试用-n 4时,top命令显示有4个进程占用率100%,但没过多久程序就会报相同错误,并且我看out文件里依旧是只有一个MPI进程,请问还有其他办法吗?会不会是我编译cp2k的时候程序没编译对。。。。
啊不错的飞过海 发表于 Post on 2023-10-30 22:45:28
你的MPI设置有问题吧,命令行里-n 44,输出第15行怎么显示只有一个MPI进程?
命令行里加个--map-by core试试。

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