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非电中性MD模拟,盒子里产生许多水团簇,这种情况是否正常?

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发布时间: 2023-10-31 17:38

正文摘要:

我想研究一个NA*对核苷酸的影响,考虑到抗衡离子的影响,所以我没有加抗衡离子,进行了一个非电中性模拟,我使用cut-off方法来计算静电相互作用,截断距离为2.0,进行模拟,模拟结果如图所示:

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sobereva 发表于 Post on 2023-11-2 08:38:04
同样的计算设定下,先计算不带Na离子的情况,确保没其它地方的问题

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