非电中性MD模拟，盒子里产生许多水团簇，这种情况是否正常？

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发布时间: 2023-10-31 17:38

我想研究一个NA*对核苷酸的影响，考虑到抗衡离子的影响，所以我没有加抗衡离子，进行了一个非电中性模拟，我使用cut-off方法来计算静电相互作用，截断距离为2.0，进行模拟，模拟结果如图所示：

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sobereva 发表于 Post on 2023-11-2 08:38:04

同样的计算设定下，先计算不带Na离子的情况，确保没其它地方的问题

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