colvar结合gromacs计算单粒子通过纳米孔PMF的colvar.dat文件应该怎么写

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发布时间: 2023-10-31 20:45

体系如下图所示

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thor 发表于 Post on 2025-1-26 16:46:24

海棠依旧cdut 发表于 2025-1-21 11:31
请问您发的代码中哪些代码限制了是施加xy方向约束的呢？

集合变量名gas_xy，harmonic_wall对gas_xy施加约束

海棠依旧cdut 发表于 Post on 2025-1-21 11:31:46

thor 发表于 2024-1-27 09:38
@fhh2626 老师，我按照你的建议在distanceXY施加了约束，现在出来的out.abf.czar.pmf看起来很正常，但是o ...

请问您发的代码中哪些代码限制了是施加xy方向约束的呢？

thor 发表于 Post on 2025-1-17 17:37:33

qmlearner 发表于 2025-1-17 11:30
请问dummyAtom()里面是孔的中心坐标吗？单位是都是nm吗？

参考坐标

qmlearner 发表于 Post on 2025-1-17 11:30:35

本帖最后由 qmlearner 于 2025-1-17 11:37 编辑

thor 发表于 2024-1-27 09:38
@fhh2626 老师，我按照你的建议在distanceXY施加了约束，现在出来的out.abf.czar.pmf看起来很正常，但是o ...

请问dummyAtom()里面是孔的中心坐标吗？单位是都是nm吗？

fhh2626 发表于 Post on 2024-1-29 09:35:57

thor 发表于 2024-1-28 12:24
那这个意思是加了metadynamics这个语句之后，out.abf.czar.pmf就是meta-eABF跑出来的数据吗？

对的

thor 发表于 Post on 2024-1-28 12:24:27

fhh2626 发表于 2024-1-28 11:43
out.metadynamics1.pmf没用，不用管

那这个意思是加了metadynamics这个语句之后，out.abf.czar.pmf就是meta-eABF跑出来的数据吗？

fhh2626 发表于 Post on 2024-1-28 11:43:36

thor 发表于 2024-1-27 09:38
@fhh2626 老师，我按照你的建议在distanceXY施加了约束，现在出来的out.abf.czar.pmf看起来很正常，但是o ...

out.metadynamics1.pmf没用，不用管

fhh2626 发表于 Post on 2023-11-1 15:17:07

distanceXY方向上还要有约束，不然实现不了穿洞

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