laoman 发表于 2023-11-2 19:23
如果是常规MD，不推荐跨GPU并行，或者在单个GPU内调用MPI并行。

单个节点如果有多张显卡，我觉得可以跑 ...

谢谢，我研究一下

收到，谢谢我研究一下

如果是常规MD，不推荐跨GPU并行，或者在单个GPU内调用MPI并行。

单个节点如果有多张显卡，我觉得可以跑多个gmx（没有mpi后缀，编译开CUDA，开openmp，关MPI），每个gmx占用一个显卡。如果你懒得编译一个新的GMX，可以用multidir跑多个任务。如你截图显示的只有两张显卡，那就是一个节点跑两个体系，可以这样提交任务：
#!/bin/sh
#SBATCH -p P3              
#SBATCH --job-name=gromacs
##SBATCH --output=job-%j.log
##SBATCH --error=job-%j.err
#SBATCH -N 1 -n 2 -c 8
......
mpirun -np 2 gmx_mpi mdrun -ntomp 8 -nsteps 100000000 -s prod -multidir md_dir_1 md_dir_2