sobereva 发表于 2023-11-5 13:15 大致明白了，感谢老师！ |
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top文件刚一开始就是错的，后面的就不看了 你用sobtop产生的是基于GAFF的拓扑文件，怎么能#include "charmm27.ff/forcefield.itp"，其[defaults]字段跟GAFF根本就不兼容。太缺乏基本常识 sobtop产生的拓扑文件里的残基名都是MOL，想进行区分就手动改成别的 水的拓扑文件直接用现成的水模型，毫无必要也不应当用sobtop以通用方式来产生。 |
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