计算离子通道离子的PMF 相关问题请教

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发布时间: 2023-11-5 21:49

如题，我最近搭建了一个跨膜通道蛋白，想计算一下通道内离子的PMF，横坐标为在通道的位置。下载下来结构以后查看，结构完整，通道轮廓清晰（如图1所示，DPPC磷脂省略），开始时候想先平衡 ...

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uenh1998 发表于 Post on 2023-11-6 21:35:40

uenh1998 发表于 2023-11-6 14:06
感谢大佬的帮助，我参考一下。

按照相关的教程，我绘制了通道内钠离子做拉伸动力学模拟穿过离子通道的拉力随着模拟时间的变化曲线，可见有一个最大值，过了最大值，曲线陡然下降，斜率很大，请问一般这样的曲线是合理的吗。
谢谢大家。

uenh1998 发表于 Post on 2023-11-6 14:06:14

Acee 发表于 2023-11-5 22:52
可以看看这两个文章
https://mp.weixin.qq.com/s/PG8niVc2r6aIY9pn_WbprA
https://mp.weixin.qq.com/s/Ax ...

感谢大佬的帮助，我参考一下。

Acee 发表于 Post on 2023-11-5 22:52:26

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