IGMH等值面图可以分析较弱的静电相互作用吗？

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发布时间: 2023-11-5 22:38

如果IGMH得到了完全绿色的等值面，即原子之间的静电相互作用未达到弱键的程度，但原子有不为零的电荷，在解释绿色等值面的时候只说范德华相互作用吗？大规模分子动力学模拟得到的LJ相互作用能和Coul相互作用能与IGMH ...

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Wenchuan 发表于 Post on 2023-11-8 14:59:45

sobereva 发表于 2023-11-8 12:12
不要太把键径当回事，本来就是从数学角度定义的，并非总具备化学意义、值得去讨论和解释。而且对于大面积 ...

谢谢老师的解答！

sobereva 发表于 Post on 2023-11-8 12:12:40

Wenchuan 发表于 2023-11-7 21:43
对IGMH等值面结合AIM拓扑分析发现一些都带负电的分子间的氧原子和氧原子之间形成键径
，
而gromacs得到 ...

不要太把键径当回事，本来就是从数学角度定义的，并非总具备化学意义、值得去讨论和解释。而且对于大面积的弱相互作用，诸如pi-pi堆积，离散的键径更是给不出什么有显著价值的信息

拿IGMH等值面说事就完了，从常识上就能判断这主要是范德华作用，以及一定程度的静电互斥作用

Wenchuan 发表于 Post on 2023-11-6 08:50:33

sobereva 发表于 2023-11-6 05:54
等值面绿色仅仅直接说明那部分区域是电子密度较低的地方，并不意味着跨越那个区域原子间必定没有显著的静电 ...

感谢老师解答！

sobereva 发表于 Post on 2023-11-6 05:54:09

等值面绿色仅仅直接说明那部分区域是电子密度较低的地方，并不意味着跨越那个区域原子间必定没有显著的静电相互作用。可以结合EDA-FF、sobEDA等能量分解（或者基于gromacs
能量组提取的组间静电相互作用能）来说明静电作用具体起到的贡献

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