建立盒子后分子位置变化如何调整？

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发布时间: 2023-11-6 11:06

图3是将绕x轴旋转2度后的效果，可以看到中间MOF的外层原子和内层原子再次重合，能清楚看清其结构。请问怎样能在图2视角下实现图3中MOF结构重合的效果？因为图3虽然能通过旋转实现，但是上下的方框却不是重合的， ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-11-8 10:51:44

L228870573 发表于 2023-11-7 10:45
谢谢老师提醒，使用packmol建立体系的inp文件如图所示

按下文说的，给插入zif8的部分加入constrain_rotation设置，要求不能旋转
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

sobereva 发表于 Post on 2023-11-7 10:01:13

说清楚是怎么用packmol产生的体系
如果中间部分插入时设置了约束不允许自动旋转，不应当有这个问题

sobereva 发表于 Post on 2023-11-7 08:30:18

不要自己在帖子标题里写【vmd】这种标签，给你改了，以后注意

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