cp2K运行完NPT后使用gromacs计算RDF，最终rdf没有趋向于1

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发布时间: 2023-11-6 11:21

老师，我使用CP2K考虑碳化钙与溶剂之间相互作用，计算完NPT后，使用gromacs计算了晶体表面一个钙原子与溶剂氧之间的径向分布函数（图1），最终rdf没有趋向于1，这是没有平衡吗，图2是最后的能量曲线。附件1是原始pdb ...

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jiushizhege 发表于 Post on 2023-11-8 19:58:22

sobereva 发表于 2023-11-8 10:52
空间分布函数用VMD的volmap也行，gromacs的gmx spatial也行
垂直于表面的密度分布可以自己写VMD tcl脚本 ...

好的感谢老师

sobereva 发表于 Post on 2023-11-8 10:52:33

jiushizhege 发表于 2023-11-7 12:22
老师请问这个使用CP2K计算呢还是使用将CP2K文件转成Gromacs进行计算呢

空间分布函数用VMD的volmap也行，gromacs的gmx spatial也行
垂直于表面的密度分布可以自己写VMD tcl脚本统计，也可以用gromacs的gmx density

jiushizhege 发表于 Post on 2023-11-7 12:22:48

sobereva 发表于 2023-11-7 10:10
这种体系不建议用rdf说事，根本什么也说不清楚，不要把rdf的用处扩大化

应当诸如绘制slab表面的溶剂分子 ...

老师请问这个使用CP2K计算呢还是使用将CP2K文件转成Gromacs进行计算呢

sobereva 发表于 Post on 2023-11-7 10:10:43

这种体系不建议用rdf说事，根本什么也说不清楚，不要把rdf的用处扩大化

应当诸如绘制slab表面的溶剂分子的空间分布函数、计算垂直于表面的溶剂分子的密度分布等方式讨论

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