GMX统计RDF未收敛至1，且形状奇怪

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发布时间: 2023-11-6 11:41

本帖最后由含光君于 2023-11-6 11:46 编辑各位老师好，本人最近用gmx计算电解液中CF₃SO₃⁻离子对水的rdf，但是用gmx统计发现rdf未能收敛至1。命令： gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -ref 'resn ...

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含光君 发表于 Post on 2023-11-7 10:10:31

sobereva 发表于 2023-11-7 10:07
1 盒子不够大会有那个问题。一个粒子只会被计算一次

2 VMD自带的插件没法计算分子质心之间的rdf

谢谢卢老师的解答！

sobereva 发表于 Post on 2023-11-7 10:07:05

1 盒子不够大会有那个问题。一个粒子只会被计算一次

2 VMD自带的插件没法计算分子质心之间的rdf

3 那种程度的差异不算异常，正常体现了相互作用的差异。可以结合空间分布函数直观考察

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