计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 如果要在蛋白溶液中添加多个阳离子，可以用gmx genion命 ...

如果要在蛋白溶液中添加多个阳离子，可以用gmx genion命令来实现嘛？或是要用其他命令

查看数: 1767 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

maojunlong

发布时间: 2023-11-6 15:52

正文摘要:

各位老师好，我想在溶液体系中添加两个不同的阳离子。运用gmx genion的时候，输入“gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -np 368 -pname Na -np 340 -pname K -nn 670 -nname Cl”，会提示“Error ...

回复 Reply

Starrymoon 发表于 Post on 2025-2-19 09:50:41

你好，genion命令需要tpr文件，我用了两次这个命令只能替换成一种阳离子，请问你是如何实现替换两种阳离子的呢？生成两次tpr文件吗？

maojunlong 发表于 Post on 2023-11-7 12:36:38

好的，谢谢sob老师，我好像是其中一个文件搞错了，谢谢提醒

sobereva 发表于 Post on 2023-11-7 08:47:13

应该是你看gro文件的时候看错了。genion会让你选替换的组，你选SOL组，不可能把你之前加入的离子给替换掉

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register