li13322387156 发表于 2023-11-18 10:48
我是用lammps跑的

好的，谢谢

嘤嘤嘤 发表于 2023-11-17 10:53
请问您的分子模拟用啥跑的啊？

我是用lammps跑的

li13322387156 发表于 2023-11-7 17:19
是的老师，不过我做分子动力学模拟时确实发现了有少量加成·OH的现象。我考虑结合ESP与ALIE分析一下，老 ...

请问您的分子模拟用啥跑的啊？

Guantsian 发表于 2023-11-10 09:45
提供个参考，Chemico-Biological Interactions 373 2023 110395 (DOI: 10.1016/j.cbi.2023.110395)
这篇文 ...

好的谢谢老师，我现在去看看

提供个参考，Chemico-Biological Interactions 373 2023 110395 (DOI: 10.1016/j.cbi.2023.110395)
这篇文献里3.1.2节，用的就是Fukui函数，判断HOO自由基和一种蒽酚的RAF反应位点

嘤嘤嘤 发表于 2023-11-8 12:12
老师，难道不是算个能垒就能判断哪个更容易吗？我可能思考的有点简单

对，但是问人还是比算更快。。。另外要算得准的话还得考虑隧穿，那个可能不是一时半会能出结果的

wzkchem5 发表于 2023-11-8 16:59
请教一下，羟基自由基和酚的反应也是加成到酚的苯环上，而不是夺取酚羟基氢吗？
我知道最终的氧化产物确 ...

老师，难道不是算个能垒就能判断哪个更容易吗？我可能思考的有点简单

beidiwu 发表于 2023-11-8 02:39
羟基自由基与芳香类化合物的反应途径主要是radical addition而不是hydrogen atom abstraction。
如果只是 ...

请教一下，羟基自由基和酚的反应也是加成到酚的苯环上，而不是夺取酚羟基氢吗？
我知道最终的氧化产物确实是对位或邻位的二酚或者醌，但是反应机理是第一分子羟基先加成到苯环上，第二分子羟基再夺取C-H氢吗？还是第一分子羟基先夺取酚羟基氢，自由基离域到苯环上，第二分子羟基再和这个离域自由基复合，然后烯醇-酮互变异构？
起码对于维生素E，第一步反应是夺取羟基氢而非加成到苯环上（https://en.wikipedia.org/wiki/Vitamin_E）。不过当然维生素E的所有苯环位点都被取代了，所以也未必有代表性

嘤嘤嘤 发表于 2023-11-8 07:31
老师，请问这种分子动力学建议用什么软件来跑呢？gaussian的BOMD吗？

用orca或cp2k

wzkchem5 发表于 2023-11-7 17:46
那你统计分子动力学轨迹里面加成到不同位置的比例不就行了，这可能比找过渡态还可靠

老师，请问这种分子动力学建议用什么软件来跑呢？gaussian的BOMD吗？

beidiwu 发表于 2023-11-8 09:39
羟基自由基与芳香类化合物的反应途径主要是radical addition而不是hydrogen atom abstraction。
如果只是 ...

好的谢谢老师，我着重去看看福井函数

羟基自由基与芳香类化合物的反应途径主要是radical addition而不是hydrogen atom abstraction。
如果只是鉴定反应位点，其实是评估目标化合物的哪一个位点更容易反应。
从经验来看，酚类化合物更倾向在酚羟基的邻位和对位发生反应。
也可以用福井函数（fukui index）进行分析，简单且准确，卢老师的multiwfn软件教程里有介绍的。

wzkchem5 发表于 2023-11-7 17:01
我怀疑这个反应以HAT为主吧，加成很难竞争过HAT

老师我想请教个问题是如果我们判断苯环上脱氢反应的难易程度，可以直接利用苯环上C-H键的解离能大小比较吗

wzkchem5 发表于 2023-11-7 20:16
如果要解释加成位点为什么是你观察到的位点，可以。但更重要的是看各个位点的自由基加成活性的指标，例如 ...

好的我去试试，谢谢老师