上传压缩后的molden文件,Multiwfn里输入的所有命令一行不差都贴出来 另外,有波函数信息的情况下,强烈建议用IGMH而非IGM 使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用 http://sobereva.com/621(http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html) |
sobereva 发表于 2023-11-7 17:57 Multiwfn + Vmd 可视化弱相互作用: 1.生成 .molden.input 文件 2.拖入multiwfn 3.20 //可视化弱相互作用 4.10/11 5.1/2 //输入片段数 6.确定每个片段的所有原子序号 7.4// 用于定义网格间距—0.15(3//高质量网格) 8.4//显示网格数据的等值面 9.1// 10.0.005 //等值大小 11.3//输出文件到当前文件夹 .cub x4 12.Sl2r.cub拖入Vmd,并把multiwfn 中的IGM_inter.vmd和IGM_intra.vmd(examples)拖入Vmd 13.打开vmd ,输入source IGM_inter.Vmd(分子间)或source IGM_intra.Vmd(分子内) 14.一般情况下等值为0.01 a.u.,若减小等值大小可以看到更弱的相互作用 15.可以更改颜色刻度 社长我是按照这个方式,用的freq后的.gbw转换的molden |
不知道你具体怎么在Multiwfn里操作的,没法回答 先把例子完整做一遍确保操作无误 通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用 http://sobereva.com/407(http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html) |
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