计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

IGM采用vmd可视化看不见相互作用

查看数: 605 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2023-11-7 17:54

正文摘要:

本帖最后由 LIdm 于 2023-11-7 18:22 编辑 老师们好,当采用source IGM inter.vmd模式时,分子间没有看不见相互作用力,但采用source IGM intra .vmd会显示出相互作用力,但相互作用点已经偏离了两分子中心,不是 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2023-11-7 18:42:35
上传压缩后的molden文件,Multiwfn里输入的所有命令一行不差都贴出来

另外,有波函数信息的情况下,强烈建议用IGMH而非IGM
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html

LIdm 发表于 Post on 2023-11-7 18:23:44
sobereva 发表于 2023-11-7 17:57
不知道你具体怎么在Multiwfn里操作的,没法回答
先把例子完整做一遍确保操作无误
通过独立梯度模型(IGM) ...

Multiwfn + Vmd 可视化弱相互作用:
1.生成 .molden.input 文件
2.拖入multiwfn
3.20 //可视化弱相互作用
4.10/11
5.1/2 //输入片段数
6.确定每个片段的所有原子序号
7.4// 用于定义网格间距—0.15(3//高质量网格)
8.4//显示网格数据的等值面
9.1//
10.0.005 //等值大小
11.3//输出文件到当前文件夹 .cub x4
12.Sl2r.cub拖入Vmd,并把multiwfn 中的IGM_inter.vmd和IGM_intra.vmd(examples)拖入Vmd
13.打开vmd ,输入source IGM_inter.Vmd(分子间)或source IGM_intra.Vmd(分子内)
14.一般情况下等值为0.01 a.u.,若减小等值大小可以看到更弱的相互作用
15.可以更改颜色刻度

社长我是按照这个方式,用的freq后的.gbw转换的molden
sobereva 发表于 Post on 2023-11-7 17:57:50
不知道你具体怎么在Multiwfn里操作的,没法回答
先把例子完整做一遍确保操作无误
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 11:35 , Processed in 0.225569 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list