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CP2K做杂化泛函计算的关键要点和简单例子

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发布时间: 2023-11-7 18:19

正文摘要:

CP2K做杂化泛函计算的关键要点和简单例子Key points and simple examples of hybrid functional calculations with CP2K 文/Sobereva@北京科音First release: 2023-Nov-7   Last update: 2024-Feb-18 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-2-3 17:10:42
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-3 13:18
说到The Kohn Sham matrix is not 100% occupied警告的处理方式,“晶胞较小、矩阵稀疏性差”的情形有具体 ...

和原子的密度有关系,原理上分布得越密越容易出警告(也看具体元素、基组)

图的顺序已改
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-2-3 13:18:08
说到The Kohn Sham matrix is not 100% occupied警告的处理方式,“晶胞较小、矩阵稀疏性差”的情形有具体的判断标准么?

我有一批水溶液体系在做杂化泛函开OT的计算,内外循环的EPS_SCF均设置为5E-7,相应的EPS_DEFAULT和EPS_PGF_ORB均设为(5E-7)^2=2.5E-13。此时盒子尺寸比较小(不过边长都在12埃以上)的体系不会有这个警告,但一个盒子边长17.7埃的体系仍然会有警告。实测此体系在默认设置下SCF收敛、算出一帧单点能和受力平均需要347秒,而开MIN_PAIR_LIST_RADIUS -1时平均得花372秒。


另外,这帖的第二第三张图顺序和原博文里弄反了
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2024-11-18 12:49:54
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2024-11-18 13:12 编辑
如果PRINT_LEVEL设的是MEDIUM,在SCF第一轮算完后就会输出Number of sph. ERI's calculated on the fly和Number of sph. ERI's stored in-core,...

PRINT_LEVEL MEDIUM这个设置影响范围较广,输出文件与LOW相比多出不少信息而略显冗长。实测发现HF计算ERI的相关信息是由&FORCE_EVAL/&DFT/&XC/&HF下的&HF_INFO字段控制输出的,如果PRINT_LEVEL仍用平时的LOW而添加&HF_INFO字段启用之,那输出中也能看到这些信息。

这个小技巧是在如前帖所述试图以杂化泛函用REFTRAJ重算分子动力学的众多snapshot时发现的。此任务作为重算类型仍为MD,此时我这样写输入文件:
  1. &HF_INFO ON
  2.   &EACH
  3.     MD 1
  4.   &END EACH
  5. &END HF_INFO
复制代码

这就可以每读取参考轨迹里一个snapshot做杂化泛函计算时便输出一次信息。由于不同snapshot结构的差异,需计算的ERI数量会有些小幅波动。
sobereva 发表于 Post on 2024-11-14 02:10:17
Lakersruobai 发表于 2024-11-13 16:56
“Multiwfn自动指定的计算设置完全合适,对应的是PBE0/DZVP-MOLOPT-SR-GTH结合admm-dzp辅助基组、6埃库仑截 ...

目前Multiwfn官网上的最新版本满足此规则
Lakersruobai 发表于 Post on 2024-11-13 16:56:37
“Multiwfn自动指定的计算设置完全合适,对应的是PBE0/DZVP-MOLOPT-SR-GTH结合admm-dzp辅助基组、6埃库仑截断、EPS_SCHWARZ 1E-6、SCREEN_ON_INITIAL_P T、开启OT”,默认设置中应该是没有开启OT要手动开启。
sobereva 发表于 Post on 2024-9-10 14:20:05
neocc 发表于 2024-9-9 13:02
4核运行cp2k.popt,inp文件&HF里面限制MAX_MEMMORY 1000,还是爆内存,请问社长有什么办法让体系跑起来吗, ...

没具体输入文件、机子的物理内存量完全没法说
neocc 发表于 Post on 2024-9-9 13:02:32
4核运行cp2k.popt,inp文件&HF里面限制MAX_MEMMORY 1000,还是爆内存,请问社长有什么办法让体系跑起来吗,增加耗时,降低计算速度也可以承受
rendong 发表于 Post on 2023-12-3 17:28:43
sobereva 发表于 2023-12-3 00:55
1 tdwfn是TDDFT阶段可以读的记录了组态系数的文件,wfn是SCF阶段可以读的记录了轨道展开系数的文件,是两 ...

好嘞,我明白了,谢谢老师
rendong 发表于 Post on 2023-12-2 18:44:41
老师好,我想请教一下,用cp2k对周期体系 用杂化泛函做激发态计算时:1、如果已经提前用PBE泛函做了一次激发态计算,此时读取“RESTART.tdwfn”文件还是“RESTART.wfn”作为波函数初猜更合适一些;2、如果只有PBE泛函做基态结构优化的“RESTART.wfn”文件能否用于杂化泛函做激发态计算的波函数初猜?     谢谢老师

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