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伞型采样得到的两个小分子之间接触的PMF曲线很奇怪

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发布时间: 2023-11-7 20:21

正文摘要:

各位前辈大家好! 最近我想用GROMACS的伞型采样来算两个小分子之间接触的PMF。 以下是我的体系及参数设置: 1. 真空 2. 盒子大小 10 nm X 10 nm X 10 nm 3. 采样间隔:0.02 nm 4. 窗口数:195 5. PMF MD时 ...

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