通过acpype.py和RESP.sh脚本生成离子拓扑文件时，电荷和键长数值精度的疑问

查看数: 1002 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2023-11-8 15:14

本帖最后由 Fr2021 于 2023-11-8 15:14 编辑参照以下sob老师的方法生成了所需的离子的itp文件: 1. gv画出NO3-离子，另存为mol2文件 ./acpype.py -i NO3-.mol2 -n -1 ********************** ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2023-11-9 06:04:00

Fr2021 发表于 2023-11-8 17:15
感谢sob老师，果然sobtop更好
但是Multiwfn的Measure geometry功能在输入原子序号（只输入了对应数字） ...

确保用的是Multiwfn最新版本

sobereva 发表于 Post on 2023-11-8 15:21:40

强烈建议用sobtop产生拓扑文件。acpype已经过时了

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register